Tiểu vương quốc Bukhara được chính thức thành lập vào năm 1785, khi giả định quyền cai trị của tiểu vương quốc Manghit, Shah Murad. Là một trong số ít các tiểu bang ở Trung Á sau Đế quốc Mông Cổ không cai trị bởi hậu duệ của Thành Cát Tư Hãn (bên cạnh nhà Timur), nó đặt cược tính hợp pháp của nó trên sự cai trị Hồi giáo chứ không phải máu Thành Cát Tư Hãn, khi người cai trị lấy danh hiệu Hồi giáo của Emir thay vì Hãn. Hơn nữa, cả hai nước láng giềng, Khả Hãn quốc Khiva và Khả Hãn quốc Kokand, cũng như tiền thân của nó, Khả Hãn quốc Bukhara, đã được cai trị bởi hậu duệ Thành Cát Tư Hãn.

Trong suốt thế kỷ 18, các tiểu vương quốc dần dần giành quyền kiểm soát hiệu quả Khả Hãn quốc Bukhara, từ vị trí của họ như là ataliq; và vào những năm 1740, khi Khả Hãn quốc bị Nadir Shah của Ba Tư chinh phục, rõ ràng là các tiểu vương nắm quyền lực thực sự. Năm 1747, sau cái chết của Nadir Shah, Ataliq Muhammad Rahim Bi đã giết Abulfayz Khan và con trai ông, chấm dứt nhà Janid (ja). Từ đó, các tiểu vương đã cho phép những người khốn khổ cai trị cho đến khi, sau cái chết của Abu l-Ghazi Khan, Shah Murad thừa nhận ngai vàng một cách công khai.

Fitzroy Maclean kể lại phương Đông Phương thức Charles Stoddart và Arthur Conolly được Nasrullah Khan thực hiện trong bối cảnh Ván Cờ Lớn, và cách Joseph Wolff, được gọi là nhà truyền giáo lập dị, thoát khỏi số phận của họ khi ông tìm kiếm chúng vào năm 1845. mặc trang phục kinh điển đầy đủ của mình, khiến cho Emir bật cười, và "Tiến sĩ Wolff cuối cùng đã phải rời bỏ Bokhara, rất nhiều đến sự ngạc nhiên của dân chúng, những người không quen với sự khoan hồng như vậy".

Năm 1868, tiểu vương quốc đã mất một cuộc chiến tranh với Sa hoàng Nga, có khát vọng thuộc địa trong khu vực. Nga sáp nhập nhiều lãnh thổ của tiểu vương quốc, bao gồm cả thành phố quan trọng của Samarkand. Năm 1873, phần còn lại trở thành người bảo hộ của Nga, và sớm được người đứng đầu Turkestan bao vây.

Những người cải cách trong tiểu vương quốc đã tìm thấy tiểu vương bảo thủ, Mohammed Alim Khan, không muốn nới lỏng quyền lực của mình, và đã quay sang những người cách mạng Bolshevik của Nga để được hỗ trợ quân sự. Hồng quân Liên Xô đã phát động một cuộc tấn công không thành công Tháng 3 năm 1920, và sau đó là một thành công trong tháng 9 cùng năm. Tiểu vương quốc Bukhara đã bị những người Bolshevik chinh phục và thay thế bằng Cộng hòa Xô viết Nhân dân Bukhara. Hôm nay lãnh thổ của tiểu vương quốc không còn tồn tại nằm chủ yếu ở Uzbekistan, với các bộ phận ở Tajikistan, Turkmenistan và Kazakhstan. Nó cũng đã bao gồm hiện tại phía bắc Afghanistan giữa năm 1793 và 1850.